La guerre a détruit le Japon. Godzilla a réduit ses ultimes espoirs à zéro. Deux ans ont passé. Depuis, le pays se bat sans relâche pour se relever et retrouver peu à peu une vie quotidienne. Alors que l’humanité commence enfin à renouer avec une paix difficilement acquise, une nouvelle menace surgit et anéantit tout espoir en un instant. Il n’y aura pas de troisième fois. Tout s’achève ici.