Pendant la Seconde Guerre mondiale, le jeune Mahito Maki subit une tragédie familiale déchirante. Il doit immédiatement déménager à la campagne, où son père travaille pour une famille d'industriels qui fabrique des avions pour l'armée japonaise. Mahito commence à explorer les paysages mystérieux en toute solitude. Il rencontre un héron cendré qui s'obstine à le suivre et tombe sur une tour abandonnée dans laquelle il pénètre, intrigué. Un monde imaginaire merveilleux et étonnant s'ouvre alors à lui.