2029, Newport City. Major Motoko Kusanagi, eine hochentwickelte Cyborg-Frau und Leiterin der Sektion 9, einer Anti-Terror-Eliteeinheit, untersucht einen neuartigen Cybervirus, der den Verstand kontrollieren und die Erinnerungen seiner Opfer manipulieren kann. Der Hauptverdächtige, bekannt als der «Puppenspieler», ist ebenso geheimnisvoll wie schwer zu fassen und wird zum Ziel einer erbarmungslosen Jagd. Gleichzeitig gerät Sektion 9 in Konkurrenz mit Sektion 6, die im Auftrag des Aussenministeriums und dessen mysteriösen Projekts 2501 handelt. Ihrer inneren Stimme folgend, stürzt sich Motoko mit Leib und Seele in eine unermüdliche Suche, die sie dazu bringt, ihre eigene Existenz und den menschlichen Teil in ihr infrage zu stellen.